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Es sind die 1910er Jahre in Japan und eine sonderbare Akademie akquiriert paranormale Phänomene, um diese selbstständig zu erforschen und anschließend militärisch zu nutzen. Eines Tages erteilt der Rektor dem Generalsekretär der Akademie den Befehl, ein Dorf zu untersuchen, in dem schwarzer Schnee gefallen sein soll. Kodou Iwatomo , ein junger, großgewachsener Mann in Militäruniform, macht sich sofort auf, um die entlegene Siedlung unter die Lupe zu nehmen. Vor Ort trifft er einen vermeintlich kranken Jungen mit femininer Ausstrahlung, doch Kodou erkennt, dass dieser in Wahrheit gar nicht krank ist, sondern ähnlich wie er selbst übernatürliche Kräfte besitzt. Nachdem er seine Freiheit gegen die Dorfbewohner, die ihn gefangen hielten, erkämpft hat, wirbt er ihn für seine Schule an. Von da an reisen sie zusammen durchs Land, lösen Rätsel, untersuchen mysteriöse Erscheinungen und suchen andere besondere Menschen, die wie sie selbst sind.